През 2006 г. Регионален исторически музей - Кюстендил разработи три свои проекта за трансгранично сътрудничество за финансиране от ЕС по програма ФАР на Министерството на регионалното развитие и благоустройството:

1)Програма "Добросъседство" 2004 България - Сърбия и Черна Гора, Съвместен фонд за малки проекти 2004/016-785.01.02 "Културното наследство на общините Кюстендил, Трекляно и Босилеград-основа за устойчив трансграничен културен и икономически обмен”;
2)Програма "Добросъседство" 2004 България - Република Македония, Съвместен фонд за малки проекти - BG 2004/016-786.01.02 “Заедно по свещените места на Осоговската планина”;
3)Програма "Добросъседство" 2004 България – Република Македония, Грантова схема за опазване на околната среда, поддържане на културното наследство и взаимодействие между публичните институции на регионално/местно ниво BG 2004/016-786.01.01 “Валоризираното културно наследство на Кюстендил и Кратово – общ път от миналото към бъдещето”.