Заема възлово място в структурата на музея и в научната дейност на неговите сътрудници. База за цялостна научно-изследователска, събирателска и популяризаторска дейност на уредниците, работещи в отделите на различните исторически епохи – праистория, античност, средновековие, нова и най-нова история, етнолози, археолози и нумизмати.

Библиотеката разполага с повече от 16 000 тома специализирана литература. Изключително богат е и делът на периодичните издания и справочната литература. Фонд “Периодика” притежава заглавия като: “Балканска зора” (1892-1894); “България” (1898-99); “Глас македонски” (1894-95); почти пълното течение на “Държавен вестник” (от 1885); “Зорница” (1864, изд. Браила) ; “Мир” (1894); “Пряпорец” (1898); “Свобода” (1886) и мн.др. Тук се намират и известията Бълг.археологическо дружество; Българския археологически институт; годишниците на изданията на институтите при БАН; известията и годишниците на музеите в България и др. Съхранява и комплектува издания в областта на археологията, историята, етнологията, нумизматиката, научни проучвания и изследвания за Кюстендил и региона. Сред изданията във фонд “Краезнание” са и изследванията на Г.А.Друмохарски (”Кюстендил”); П. Цв. Любенов (”Баба Ега”, “Самовили и самодиви”, “Сборник с разни народни умотворения и турски злодейства из Кюстендилско” и др.); Ефрем Каранов; Йордан Иванов; Йордан Захариев и др. В раздела “Редки и особени издания” както и книги - библиографска рядкост се намират и заглавия като: “Органическый устав на Источна Румелия” (1879); Кратка българска история” (1879, от Добри Войников); “Критическия изследования обь истории болгарь” (1849 от Ю. Венелин) и др. Притежава богата сбирка от материали за Западните покрайнини и Македония. Поддържа контакти с краеведи и специалисти от тези райони.

Специализираните услуги на библиотеката се ползват от ученици, учители, студенти, специализанти, научни работници и др. Поддържа вътрешен и международен книгообмен.